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La flotte nationale ciblant les thons et espèces assimilées est toujours constituée par les palangriers moins de 24 mètres. Ils sont actuellement au nombre de 7 et opèrent sur la côte Est de Madagascar. Depuis 2010, les techniques et les méthodes demeurent les mêmes. En général, les navires déploient entre 800 à 1300 hameçons par filage et ils effectuent une sortie relativement courte d’une durée de 4 à 7 jours afin de maintenir les captures fraiches en arrivant aux ports de débarquement que sont le port de Sainte Marie et celui de Toamasina. Le programme de collecte de fiches de pêche et d’échantillonnage au port de débarquement mis en œuvre depuis 2014 pour Sainte Marie et depuis aout 2016 pour Toamasina nous permet de visualiser la distribution de taille des espèces capturées.
Ces dernières années, on constate que l'effort de pêche thonière (exprimé en nombre d’hameçons déployés) par les navires nationaux varie de 2010 à 2017. En outre, la variation annuelle des captures est légèrement proportionnelle à la variation de l’effort de pêche. La capture moyenne annuelle des palangriers est de 383 tonnes, et elle est constituée de 49% de thons, 19% de poissons porte-épées, 12% de requins et 19% d’autres espèces. La capture en thons est majoritairement composée des thons obèses, des germons et des albacores.
Les navires de pêche ayant des licences sur les poissons démersaux peuvent aussi avoir une interaction accidentelle avec certaines espèces sous mandat de la CTOI notamment celles dites néritiques. Il s’agit des ligneurs, palangriers et polyvalent exploitant la partie benthique des façades Ouest et Est de la Zone Economique Exclusive de Madagascar.
En outre, depuis 2015, l’USTA a initié le suivi de débarquements des poissons pélagiques issus de la petite pêche et de la pêche artisanale aux alentours de la ville d’Antsiranana avec deux villages pilotes. En 2017, ce suivi couvre 19 sites de débarquement des quatre Régions (DIANA, SOFIA, BOENY et ANALANJIROFO) de Madagascar. Les données relatives à cette filière sont figurées dans ce rapport.
