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La CTOI a été établie en 1993 à la 105e Session du Conseil de l'Organisation pour l'Alimentation et l'Agriculture des Nations Unies (FAO), conformément à l'article XIV de la Constitution de la FAO. À ce titre, les membres de la CTOI peuvent prendre des décisions concernant la gestion des thons et espèces apparentées ainsi que leur environnement, qui engagent tous les Membres et Parties Coopérantes non-Contractantes. L'Accord portant création de la CTOI a été signé le 25 novembre 1993 et est entré en vigueur le 27 mars 1996, après l'adhésion de la dixième Partie contractante (ou Membre) de la CTOI. Le règlement financier de la CTOI a été adopté lors de la Première Session Extraordinaire, tenue à Rome du 21 au 24 mars 1997, et le Règlement intérieur de la CTOI a été adopté lors de la Deuxième Session Extraordinaire qui s’est tenue à Victoria, aux Seychelles, du 22 au 25 septembre 1997.Des sections du règlement intérieur ont été révisées en juin 2014 et en mai 2022. Suite à la décision des Membres lors de la Première Session, le Secrétariat a été établi à Victoria (République des Seychelles) et a commencé à fonctionner en janvier 1998.
L'Accord portant création de la Commission des Thons de l'Océan Indien est le document qui établit la structure et les fonctions de la Commission.
La règlement financier de la CTOI (12 mai 2023), traite de questions liées au financement, aux crédits, à la structure du budget, à la rédaction de rapports et aux imprévus. Les domaines du règlement financier qui ne sont pas directement abordés dans le règlement financier de la CTOI sont régis par les règles et procédures de la FAO. La Commission dispose d'un budget totalement autonome basé sur les contributions des Parties Contractantes, évaluées selon une formule décrite dans le appendice le règlements. Les règlements ont été finalisés en 2021 après un accord sur les dates respectives où les cotisations doivent être payées et où les cotisations seront en souffrance (Annexe, Reg 5).
Le règlement intérieur de la CTOI (8 mai 2025) décrit les dispositions traitant des différentes opérations de la Commission et de ses organes subsidiaires. Les domaines couverts par le règlement intérieur comprennent les Sessions de la Commission, la participation des observateurs, les procédures de vote, les responsabilités du Secrétariat, le Comité Scientifique et les dispositions générales de fonctionnement.