Aux fins de la gestion de la pêche, les eaux indonésiennes sont divisées en onze zones de gestion de la pêche (FMA). Trois d'entre elles sont situées dans la zone de compétence de la CTOI, à savoir la FMA 572 (Sumatra occidental et détroit de Sunda), la FMA 573 (du sud de Java à Nusa Tenggara oriental, mer de Sawu et partie occidentale de la mer de Timor) et la FMA 571 (détroit de Malacca et mer d'Andaman). Les pêcheurs indonésiens utilisent divers engins de pêche tels que la palangre, la senne coulissante, la ligne à main et le filet maillant pour capturer de grands poissons pélagiques comme le thon, le listao, les marlins, etc. La palangre est le principal type d'engin de pêche ciblant les thonidés qui opère dans ces ZGF. La capture totale des principales espèces de thon en 2020 a été estimée à environ 205 582 tonnes1, composées d'albacore (44 471 tonnes), de thon obèse (21 556 tonnes), de listao (134 455 tonnes) et de germon (5 099 tonnes). Les ports de débarquement, tant artisanaux qu'industriels, font toujours l'objet d'une surveillance constante grâce à divers projets et programmes d'observation scientifique menés conjointement par l'Institut de recherche des pêches thonières (IRPT) et la Direction générale des pêches de capture (DGCF).