Le total des captures de poissons marins dans les eaux malaisiennes en 2020 s'est élevé à 1,38 million de tonnes, soit une légère baisse de 5,48% par rapport à 1,46 million en 2019. Le total des débarquements en 2020 a été attribué aux captures de 48 826 navires enregistrés, les chalutiers, les sennes coulissantes et les filets dérivants ayant contribué à un grand pourcentage des captures. En 2020, la production de poissons marins de la côte ouest de la Malaisie péninsulaire (détroit de Malacca) a représenté 777 365 tonnes (56,20 %) du total des captures. Les autres captures provenaient de la mer de Chine méridionale et des mers de Sulu et Célèbes, ainsi que de la côte est de Sabah. Les pêches côtières ont produit 84% (1 169 200 t) et 16% (214 098 t) des pêches en eaux profondes.
Par conséquent, le gouvernement met l'accent sur le développement de la pêche au thon non seulement dans les eaux côtières, mais aussi dans les eaux du large au sein de la zone économique exclusive (ZEE). Les pêcheries de thon, qui comprennent à la fois le thon océanique et le thon néritique, devraient être développées dans un avenir proche. Le deuxième plan de développement stratégique pour les industries thonières 2012-2020 a été lancé fin 2013. Le projet du troisième plan de développement stratégique pour les industries du thon 2021-2030 est en cours d'élaboration.
Au début des années 1980, les petits thons (comme on appelait alors le thon néritique) n'étaient capturés que de manière accessoire par les filets maillants et les sennes coulissantes. Lorsque les senneurs à thon ont été introduits en 1987, la pêche au thon rouge a commencé à se développer. Une expérience de marquage du thon néritique menée en mer de Chine méridionale a montré que 50 % des thons recapturés provenaient des opérateurs de senneurs. Au départ, les senneurs à senne coulissante recherchaient visuellement les bancs de thon. Progressivement, certains de ces opérateurs ont commencé à utiliser des lumières pour rassembler les poissons. Suite à des plaintes d'autres pêcheurs, l'utilisation des lumières a été réglementée et limitée à moins de 30 kilowatts.
Le thon néritique représente 76 396,27 MT (5,54 %) des débarquements de poissons marins de la Malaisie en 2020. Les senneurs à senne coulissante constituent l'engin de pêche le plus important dans les pêcheries de thon néritique, en particulier pour les navires de 40 à 69,9 TJB (Zon C) et de plus de 70 TJB (Zon C2), et le thon à longue queue domine les débarquements, suivi du kawa kawa et du thon frégate. En 2020, les débarquements de thon néritique sur la côte ouest de la Malaisie péninsulaire s'élèvent à 12 633,13 t, soit une baisse de 27,81 % par rapport aux 17 500 t de 2019. Entre-temps, les débarquements de thon néritique en Malaisie ont varié entre 60 000 t et 80 000 t (2016-2020). La capture la plus élevée a été enregistrée en 2019 avec 87 400 t respectivement. On a observé une tendance à la baisse des débarquements de 2002 à 2005 avant une tendance à la hausse jusqu'en 2008. Les débarquements de thon néritique en Malaisie semblent s'être stabilisés de 2010 à 2018.
Les captures de thon océanique de l'océan Indien en 2020 ont augmenté de 6,43 %, passant de 2 289,30 t en 2019 à 2 446,73 t en 2020. Le germon a connu une augmentation de 11,13 %, passant de 1 618,65 t en 2019 à 1 821,41 t en 2020. Le germon a représenté près de 75% des captures totales sous forme de thon entier congelé, tandis que l'albacore a contribué à 15,3% et le thon obèse à gros yeux à 10,25% des captures totales sous forme congelée et éviscérée.
Le PAN requins II révisé a été publié en 2014. Les requins et les espèces menacées figurant sur la liste de la CITES sont également inscrits dans la loi CITES de Malaisie de 2008. En ce qui concerne les tortues de mer, quatre (4) centres de conservation et d'information sur les tortues sont régulièrement ouverts.
Ils mettent en oeuvre des programmes de sensibilisation pour les étudiants et les communautés de pêcheurs dans les États de N.Sembilan, Perak, Penang et Melaka. Le programme d'éclosion de ces centres a permis de relâcher plus de 65 000 bébés tortues dans la mer. Plusieurs programmes de recherche sur les tortues de mer ont été menés dans différentes zones des eaux malaisiennes et les projets en cours concernent l'hameçon et le suivi par satellite.
La Malaisie a mis à jour le journal de bord national afin d'y inclure toutes les espèces demandées dans la résolution 19/04 pour les palangriers et les senneurs, et surveille le débarquement du thon et son inspection au port par l'inspecteur du port. Le DOF Malaisie surveille et suit également les navires de haute mer et les thoniers à l'aide du VMS national.
En vertu de la résolution 19/06, les palangriers malaisiens transbordés en mer sont surveillés par l'observateur de la CTOI dans le cadre du ROP. La Malaisie a participé au programme régional d'observation en 2018 pour les navires de transport et les navires de pêche afin de surveiller les transbordements en mer. Le DOF Malaisie a également installé un système de télévision en circuit fermé sur chaque navire comme outil pour le SME, en remplacement de l'observateur à bord.