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L'Afrique du Sud compte deux secteurs de pêche commerciale ciblant le thon : le secteur de la pêche à la palangre des grands pélagiques et le secteur de la pêche à la canne au thon (canne à appâts). Ce dernier secteur cible principalement le thon (Thunnus alalunga) et, à un moindre degré, l'albacore (Thunnus albacares) et opère rarement dans la zone de compétence de la CTOI. Le secteur des grands palangriers pélagiques se compose de deux flottes aux histoires différentes : Les grands palangriers pélagiques battant pavillon sud-africain qui utilisaient traditionnellement des méthodes de ciblage de l'espadon (Xiphias gladius), et les navires battant pavillon japonais qui opèrent dans le cadre de joint-ventures et pêchent pour les détenteurs de droits sud-africains. Les navires battant pavillon japonais ciblent généralement les thons tropicaux et le thon rouge du Sud (Thunnus maccoyii) et concentrent leurs efforts dans l'océan Indien. En 2020, un total de 15 palangriers étaient actifs dans la zone de compétence de la CTOI, ce qui est moins qu'en 2019. L'effort a considérablement diminué - le nombre d'hameçons posés en 2020 était de 572 461, soit moins de la moitié du nombre posé en 2019 (1 355 677). Par conséquent, les captures ont diminué de 2019 à 2020 pour toutes les espèces : germon (23 %), thon rouge du Sud (27 %), thon obèse (49 %), albacore (56 %), requin bleu (58 %), espadon (74 %) et requin-taupe bleu (96 %). Il n'y a pas eu d'effort de pêche à la canne au thon dans la zone de compétence de l'océan Indien en 2020. La couverture des observateurs a dépassé les exigences de la CTOI puisque 18 % (100 179 hameçons) des hameçons posés dans la zone de compétence de la CTOI en 2020 ont été observés.
