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La fonction première des Groupes de travail scientifiques est d'appuyer le Comité scientifique pour qu'il soit en mesure de remplir son mandat, qui est de fournir à la Commission les informations nécessaires pour gérer les stocks de poissons sous mandat de la CTOI, ainsi que les écosystèmes dans lesquels la pêche a lieu. L'objectif principal est de fournir au Comité scientifique des analyses de l'état actuel des stocks ainsi qu'une évaluation des mesures de gestion possibles. Certains groupes de travail sont mis en place dans le but d'analyser et de produire des recommandations sur un problème technique particulier.
Les groupes de travail sont généralement constitués par des scientifiques participant à titre individuel et ne représentent pas les parties contractantes ou parties coopérantes non-contractantes. Leurs réunions sont ouvertes à tous les chercheurs intéressés ayant une expertise dans les questions pertinentes pour le Groupe de travail.
La deuxième session du Comité scientifique a décidé des termes de référence de base pour guider le travail des groupes de travail qui se consacrent à analyser l'état des ressources d’une ou plusieurs espèces .
Les tâches des groupes de travail sont les suivantes:
Actuellement, il y a sept (7) groupes de travail de la CTOI actifs, agissant en appui du processus scientifique de la CTOI :